Skinner est le chef de cuisine du restaurant parisien étoilé Chez Gusteau, une fonction qu'il occupe depuis le décès du fondateur du restaurant, Auguste Gusteau, après avoir été son second pendant de longues années.

Ce petit homme dégarni, dont les yeux verts et la fine moustache renforcent l'aspect inquiétant, est un homme avide d'argent et de pouvoir. La mort de son ancien patron s'avère pour lui une véritable aubaine. Gusteau étant décédé sans héritier, c'est son ancien sous-chef qui devait devenir le propriétaire de son empire gastronomique... Skinner a peu à peu délaisser ses cuisines, déléguant son rôle de chef à Horst, son second, pour s'atteler à des activités bien plus lucratives pour lui comme la commercialisation d'une marque de surgelés à l'effigie d'Auguste Gusteau.

Malheureusement pour lui, à quelques semaines de devenir officiellement l'héritier d'Auguste Gusteau, un jeune homme, Alfredo Linguini, se présente pour solliciter un emploi, avec une lettre de recommandation cachetée de sa défunte mère.

Skinner étant occupé, c'est son second, Horst, qui décide d'employer Linguini en tant que commis aux poubelles. Déjà mécontent de ne pas avoir était consulté pour cette embauche, Skinner est pris d'effroi lorsqu'il apprend quelques temps après, à la lecture de la missive écrite par Renata Linguini qu'Alfredo serait le fils naturel de Gusteau et donc son légitime héritier !

Les choses se compliquent aussi pour Skinner lorsque Linguini outrepasse la fonction pour laquelle il a été employé. Dès son premier soir, le jeune homme décide de rajouter sa propre patte à la soupe du jour qui est entrain de mijoter sur le feu... Le rat gastronome Rémy assistant au saccage culinaire entrepris par Linguini, rattrappe discrètement les choses. Skinner surprend alors Alfredo entrain de cuisiner et est bien trop heureux de tenir là une raison de le licencier... Mais il est trop tard, la soupe a été servie en salle, à plusieurs clients dont la critique gastronomique Solène LeClaire. Contre toute attente, pour Skinner comme pour Linguini, la soupe est un véritable triomphe !

Skinner, jaloux, est bien décidé à prouver que ce succès n'était que le fruit du hasard. Malheureusement pour lui, Linguini, toujours aidé de Rémy, le véritable chef, passe haut la main toutes les épreuves : après avoir refait à l'identique la soupe qui a valu au restaurant une critique élogieuse, le duo réussi à enchanter les papilles des clients en cuisinant une recette de riz de veau que le chef Gusteau avait lui-même considéré comme échec cuisant. Même volontairement enivré par Skinner, Linguini ne livre aucun élément quant à son secret, à ce qui fait de lui un si bon maître queux.

Skinner n'est pas plus en réussite quand il essaie de prouver que ce n'est pas Linguini qui cuisine mais un rat, qu'il a plusieurs fois aperçu sans jamais cependant réussir à mettre la main dessus pour faire éclater au grand jour le secret de son désormais rival.

C'était sans compter sans l'intervention de Rémy, le rat-cuisinier ami d'Alfredo qui, découvrant par hasard le pot aux roses, dérobe les papiers attestant du lien d'hérédité entre Gusteau et Linguini et de ce qu'il implique. Pour Skinner cette révélation reviendrait à perdre tout ce qu'il a entrepris et compte bien encore entreprendre. Il poursuit alors le rongeur dans les rues de Paris, roulant à plein gaz sur le scooter arraché des mains du saucier Lalo, jusqu'à finalement terminer sa course dans la Seine, sans avoir pu récupérer les documents compromettants.

Le lien de parenté entre Auguste Gusteau et Alfredo Linguini révélé au grand jour, Skinner est obligé de céder sa place et de quitter le restaurant, en même temps que de mettre fin à ses lucratifs projets... Mais l'homme a de la suite dans les idées et la rancune tenace. Le chef déchu est, en effet, bien décidé à faire péricliter le restaurant dont il a été chassé comme un malpropre.

Il tente d'abord de contacter les services d'hygiène pour que le restaurant subisse une fermeture administrative à cause de la présence en cuisine d'un rat. Mais l'Inspecteur sanitaire, peu motivé, se déclare débordé. Skinner passe alors au plan B, il va enlever Rémy et le forcer à élaborer pour lui une nouvelle gamme de produits surgelés. Une nouvelle fois, ses desseins sont contrariés car Rémy est libéré par son père et d'autres rats de sa colonie.

Le soir-même, Skinner revient Chez Gusteau, incognito, le soir où le redoutable et redouté critique gastronomique Anton Ego se rend dans l'établissement pour juger le prétendu renouveau du restaurant à la gloire passée. Ayant commandé la même chose que le critique, Skinner est sûr de l'échec annoncé des tentatives de Linguini pour séduire Ego lorsqu'il se voit servir une simple ratatouille et pense que le jeune homme est livré à lui-même, persuadé que Rémy est dans la cage dans laquelle il le retient prisonnier. Sa désillusion est grande lorsqu'il assiste au concert d'éloges que le « pape » de la critique gastronomique fait au sujet de la cuisine du nouveau chef du restaurant.

Après avoir lui-même goûté le plat, qu'il juge lui-même délicieux, Skinner se rue dans la cuisine et découvre que Rémy, libéré de sa geôle, s'affaire en cuisine entouré de tous les rats de sa colonie venus lui prêter main-forte. Neutralisé par les rats avant qu'il ne puisse alerter quiconque, Skinner est ficelé et enfermé dans le garde-manger, où il rejoint l'inspecteur sanitaire qui avait finalement pu se libérer pour venir contrôler le restaurant.

Mais les deux hommes ne peuvent pas être retenus indéfiniment et, sitôt relâchés, ils font fermer le restaurant Chez Gusteau pour cause d'insalubrité. Ce n'est pourtant qu'une victoire à la Pyrrhus pour Skinner puisque Linguini et Rémy ouvre très rapidement un nouveau restaurant, La Ratatouille, qui fait salle comble, aussi bien auprès des humains que des rats !

Julien Kramer, comédien, dialoguiste et directeur artistique ayant coordonné les doublages français de plus d'une centaine de films et séries télévisées a prêté sa voix à un autre personnage issu de l'imagination des artistes des studios Pixar, la voiture tunée dans Cars : Quatre Roues (2006), sa suite de 2011 (Cars 2) et plusieurs épisodes de la série des Cars Toon.

L'apparence physique du personnage (petite taille, crâne dégarni...) ainsi que son caractère (très volubile, colérique, utilisant à outrance le langage corporel, non-verbal...) auraient été inspirés aux artistes des studios Pixar par le célébrissime comédien comique français Louis de Funès.

En ce qui concerne le nom du personnage, c'est un clin d’œil revendiqué à Burrhus Frederic Skinner, un penseur et psychologue américain, théoricien du béhaviorisme radical, célèbre pour les expériences scientifiques qu'il mena... sur des rats de laboratoire !